为了规范海关保税核查，加强海关对保税业务的监督管理，海关总署于2008年3月31日以第173号令发布了《中华人民共和国海关保税核查办法》(以下简称《保税核查办法》。《保税核查办法》将自2008年6月1日起施行。

　　《保税核查办法》就海关保税核查的适用、保税核查的范围、保税核查实施程序作了详细规定。

　　关于海关保税核查的适用

　　关于保税核查的范围界定。《保税核查办法》所称保税核查，是指海关依法对监管期限内的保税加工货物、保税物流货物进行验核查证，检查监督保税加工企业、保税物流企业和海关特殊监管区域、保税监管场所内保税业务经营行为真实性、合法性的行为。

　　关于核查方式。《保税核查办法》规定，海关可以实施的核查方式有实地核查和书面核查两种。实地核查是指海关通过数据核实、单证检查、实物盘点、账物核对等形式对被核查人进行的核查;书面核查是海关根据被核查人提交的纸质单证和报送的电子数据进行的核查。

　　关于对被核查人的要求。《保税核查办法》规定，被核查人应当对保税货物和非保税货物统一记账、分别核算。被核查人应当按照《中华人民共和国会计法》及有关法律、行政法规的规定，设置规范的财务账簿、报表，记录保税企业的财务状况和有关保税货物的进出口、存储、转移、销售、使用和损耗等情况，如实填写有关单证、账册，凭合法、有效的凭证记账和核算。被核查人应当在保税货物海关监管期限以及其后3年内保存上述资料。

　　关于海关保税核查的范围，分为保税加工业务核查、保税物流业务核查、海关特殊监管区域、保税监管场所核查

　　关于对保税加工业务核查。《保税核查办法》规定，海关自保税加工企业向海关申请办理保税加工业务备案手续之日起至海关对保税加工手册核销结案之日止，或者自实施联网监管的保税加工企业电子底账核销周期起始之日起至其电子底账核销周期核销结束之日止，可以对保税加工货物以及相关的保税加工企业开展核查。海关对保税加工企业开展核查的内容有：(一)保税加工企业的厂房、仓库和主要生产设备以及法定代表人、主要负责人等企业基本情况与备案资料是否相符；(二)保税加工企业账册设置是否规范、齐全；(三)保税加工企业出现分立、合并或者破产等情形的，是否依照规定办理海关手续；(四)保税加工企业开展深加工结转、外发加工业务的，是否符合海关对深加工结转或者外发加工条件和生产能力的有关规定。

　　关于对保税物流业务核查。《保税核查办法》规定，海关自保税物流货物运入海关特殊监管区域、保税监管场所之日起至运出海关特殊监管区域、保税监管场所之日止，可以对保税物流货物以及相关保税物流企业开展核查。海关对保税物流企业进行核查的内容有：(一)保税物流企业的厂房、仓库以及法定代表人、主要负责人等企业基本情况与备案资料是否相符；(二)保税物流企业账册设置是否规范、齐全；(三)保税物流企业出现分立、合并或者破产等情形的，是否依照规定办理海关手续。

　　关于对海关特殊监管区域、保税监管场所核查。《保税核查办法》规定，海关自海关特殊监管区域、保税监管场所验收合格之日起至其经营期限结束之日止，可以对海关特殊监管区域、保税监管场所管理和经营情况开展核查。海关对海关特殊监管区域开展核查的内容有：(一)海关特殊监管区域隔离设施、监视监控设施情况；(二)海关特殊监管区域内人员居住和建立商业性消费设施情况；(三)海关特殊监管区域管理机构建立计算机公共信息平台情况；(四)海关特殊监管区域内被核查人应用计算机管理系统情况；(五)海关特殊监管区域经营企业设置账簿、报表情况。海关应当对保税监管场所开展下列核查：(一)海关保税监管场所是否专库专用；(二)海关保税监管场所内被核查人是否应用符合海关监管要求的计算机管理系统，并与海关实行计算机联网；(三)海关保税监管场所经营企业是否设置符合海关监管要求的账簿、报表等。

　　海关实施保税核查程序：分为核查准备、核查实施、核查处理

　　关于核查准备：通知被核查人，审核审计报告。《保税核查办法》规定，海关实施核查前，应当通知被核查人。特殊情况下，经海关关长批准，海关可以径行核查。被核查人提供经海关认可的中介机构出具的审计报告，并经海关审核认定的，海关可以对被核查人免于实施保税核查；海关认为必要时，可以委托中介机构参与保税核查。

　　关于核查实施：海关核查职权、被核查人的配合、填制《海关保税核查工作记录》。《保税核查办法》规定，海关核查人员开展核查可以行使下列职权：(一)查阅、复制被核查人与保税业务有关的合同、发票、单据、账册、业务函电和其他有关资料(以下简称账簿、单证)；(二)进入被核查人的生产经营场所、货物存放场所，检查与保税业务有关的生产经营情况和货物；(三)询问被核查人的法定代表人、主要负责人或者其他有关人员与保税业务有关的情况。海关实施核查时，被核查人应当接受并配合海关实施保税核查，提供必要的工作条件，如实反映情况，提供海关保税核查需要的有关账簿、单证等纸质资料和电子数据，不得拒绝、拖延、隐瞒。海关核查结束时，核查人员应当填制《海关保税核查工作记录》并签名。

　　关于核查处理：海关建档、作出保税核查结论、填制《保税核查处理通知书》。《保税核查办法》规定，核查结束后，海关应当对《海关保税核查工作记录》以及相关材料进行归档或者建立电子档案备查。海关应当在保税核查结束后15个工作日内作出保税核查结论，并告知被核查人。海关实施保税核查，发现被核查人存在不符合海关监管要求的，可以采取以下处理方式，并填制《保税核查处理通知书》书面告知被核查人：(一)责令补办相关手续；(二)责令限期改正；(三)责令按照有关规定提供担保。