青海三江源自然保护区位于我国的西部、青藏高原的腹地、青海省南部，为长江、黄河和澜沧江的源头汇水区。其东、东南部与甘肃省、四川省相邻，南部、西部与西藏自治区相接，北部分别与治多县的可可西里国家级自然保护区、海西藏族蒙古族自治州的格尔木市和都兰县交界，东北部与海南藏族自治州的共和县、贵南县、贵德县和黄南藏族自治州的同仁县接壤。地理位置为北纬31。39’~36。12’，东经89。45’~102。23’，行政区域涉及包括玉树、果洛、海南、黄南四个藏族自治州的14个县和格尔木市的唐古拉乡，总面积为15.23万km2，约占青海省总面积的21%。三江源自然保护区面积按流域分为：黄河源区面积4.05万km2，占保护区面积的26.6%；长江源区面积9.4万km2，占保护区面积的61.7%；澜沧江源区面积1.78万km2，占保护区面积的11.7%。